Os principais serviços prestados pela FONG-STP são:
Mediar entre os demais agentes de desenvolvimento e a família das ONG;
Intervir no sentido de harmonizar e sintonizar as actividades das ONGS;
Providenciar auxílio as ONGS em termos de infra-estrutura, através dos Centros de Recursos em São Tomé e em Príncipe;
Fornecer informações concernentes a disponibilidade de financiamentos, respectivas áreas, assim como sobre as exigências dos doadores.
Promover formações, workshops no sentido de capacitar as associadas de acordo com seus campos de intervenção;
Impulsionar o desenvolvimento de legislações que facilitem a consolidação da Sociedade Civil Organizada;
Produzir manuais operativos e todos os demais instrumentos destinados a apoiar o trabalho interno das ONGS;
Fomentar intercâmbio de experiências entre associadas e congéneres estrangeiras;
Divulgar as actividades das associadas;
Promoção da imagem das associadas;